El área de epidemiología trabaja de manera horizontal e inter-programática dando apoyo epidemiológico a las otras áreas del PANAFTOSA y brindando cooperación técnica a los países en proyectos asociados con zoonosis, fiebre aftosa, laboratorio diagnóstico, sistemas de información e inocuidad de los alimentos.
Las actividades de cooperación técnica se centran en fortalecer la vigilancia, la prevención, el control y la gestión de emergencias contribuyendo; por ejemplo, a la erradicación y vigilancia de fiebre aftosa, al control y la vigilancia de la gripe aviar en aves o al mapeamiento de las estrategias de los países frente a resistencia antimicrobiana. Más específicamente, en los aspectos cuantitativos, el área apoya en el diseño de estudios epidemiológicos y análisis de datos; incluyendo entre otras tareas estudios de prevalencia, estudios para detectar enfermedades, análisis de factores de riesgo, análisis espaciales, análisis de series de temporales, validación de pruebas de laboratorio, etc.
Además, otra tarea importante de esta área es proporcionar capacitaciones en el uso de herramientas epidemiológicas, de sistemas de información geográfica y en el establecimiento de criterios de calidad para sistemas de información de los servicios veterinarios oficiales. Entre 2017 y 2019 se capacitaron 108 profesionales de 14 países (75% de los Servicios Veterinarios y un 25% de los Servicios de Salud Pública).
Esta área ha desarrollado y está en proceso de implementación la interfaz para la vigilancia veterinaria oficial (IVVO), una versión renovada del SivCont, que ofrece a los países que no tienen un sistema de información la oportunidad de tener una potente herramienta para la vigilancia epidemiológica, y además brinda a la Región con un sistema único para compartir datos de enfermedades de interés transfronterizo. Este trabajo con relación a los sistemas de información también implica el análisis de los datos, la supervisión del control de calidad y el trabajo con indicadores.