San José, 20 de junio de 2023 (OPS/OMS). En la semana del 12 al 16 de junio se llevó a cabo el Taller de reforzamiento de secuenciación genómica y análisis bioinformático para Influenza y SARS-CoV-2, en las instalaciones del Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa), Costa Rica.
Durante casi ya 3 años y medio de pandemia, el laboratorio ha jugado un papel fundamental para el diagnóstico de casos, toma de decisiones en salud pública y seguimiento al curso de la epidemia en todos los países. La identificación y caracterización de variantes de interés y de preocupación ha sido fundamental para entender los patrones de dispersión y circulación del virus, para hacer seguimiento a contactos, realizar evaluaciones de riesgo de acuerdo con las características de transmisión, y evaluar su impacto en las medidas de salud pública incluyendo vacunación y tratamientos, entre otras.
En este contexto, Costa Rica -mediante el Inciensa- ha jugado un papel fundamental en la subregión de Centroamérica, aceptando desde hace cerca de un año y medio la responsabilidad de ser designado como uno de los laboratorios de referencia de la Red Covigen (Vigilancia Genómica de COVID), creada originalmente por los países de la región para identificar variantes del SARS CoV-2 y, posteriormente, ampliada a más virus respiratorios. Con esta designación, el Inciensa ha recibido regularmente muestras de varios países y ha sido escenario de entrenamientos y talleres como el que se desarrolló la semana anterior y que tuvo como objetivos:
- Revisar la metodología de laboratorio para procesamiento de muestras y construcción de librerías genómicas y secuenciación de nueva generación.
- Conocer el proceso de obtención de datos genómicos.
- Revisión del proceso de análisis de datos de secuenciación para extraer secuencias finales e información como linajes y variantes.
- Discusión sobre plataformas customizadas de análisis, pipeline bioinformático.
- Revisión de la carga de datos a la plataforma GISAID.
- Integración de datos genómicos a la vigilancia epidemiológica.
Además, se espera que este taller de reforzamiento de secuenciación genómica y análisis bioinformático para Influenza y SARS-CoV-2 fortalezca lazos de colaboración entre los países, que permitan crear una Estrategia Regional de Vigilancia Genómica.
El taller tuvo componentes teóricos, así como prácticas de laboratorio. Se contó con la participación de 11 países de la región: Venezuela, El Salvador, Guatemala, Honduras, Nicaragua, Panamá, Belice, República Dominicana, Jamaica, Cuba y Bolivia.
