Les Organes directeurs se composent de la Conférence sanitaire panaméricaine, du Conseil directeur et du Comité executif. L'organe consultatif auxiliaire du Comité exécutif est le Sous-comité du programme, du budget et d l'administration.
Conférence sanitaire panaméricaine
La Conférence est l'autorité suprême qui régit l'Organisation. Elle se réunit tous les cinq ans pour déterminer ses politiques générales.
Conseil directeur
Le Conseil se réunit une fois par an au cours des années dans lesquelles la Conférence n'a pas de réunion. Il agit au nom de la Conférence entre les sessions de cette dernière.
Comité executif
Le Comité exécutif se compose de neuf États Membres de l'Organisation, élus par la Conférence ou le Conseil, pour des périodes de trois ans qui se chevauchent. Le Comité, qui se réunit deux fois par an et agit en tant que groupe de travail de la Conférence ou du Conseil. Des réunions spéciales sont convoquées par le Directeur du Bureau soit à sa propre initiative ou à la demande d'au moins trois États Membres. Le Comité est doté d'un organe consultatif auxiliaire, le Sous-comité du programe, du budget et de l'administration.
Sous-comité du programme, du budget et de l'administration
Le Sous-comité du programme, du budget et de l'administration est un organe consultatif auxiliaire du Comité exécutif, responsable de l'examen des aspects programmatiques, budgétaires et administratifs. Le cas échéant, il fait des recommandations au Comité exécutif dans ces domaines. Le Sous-comité comprend sept États Membres de l'Organisation dont quatre ont des mandats parallèles aux mandats que leur confère le Comité exécutif et trois sont désignés annuellement par le Directeur du Bureau sanitaire panaméricain en consultation avec le Président du Comité exécutif afin d'arriver à une distribution géographique équilibrée et adéquate. Le Sous-comité organise au moins une session publique régulière par an aux dates décidées par le Comité exécutif. Des sessions supplémentaires peuvent être convoquées lorsque le Budget-Programme de l'Organisation est débattu.